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主條目：馬達加斯加政治史和安塔那那利佛
安塔那那利佛是馬達加斯加的政治和經濟中心
馬達加斯加是一個半總統代議民主多黨制共和國，民選總統是國家元首，並由其選擇總理，總理向總統推薦內閣部長人選。根據憲法規定，行政權由政府行使，立法權則屬部長級內閣、參議院和國民議會，不過在現實中，後兩院在立法上並沒有多少實際權力和作用。憲法規定行政、立法和司法分支相互獨立，總統必須經民選選出，任期五年，最多可任職三屆。[37]
馬克·拉瓦盧馬納納在2006年12月3日舉行的總統大選中成功取得連任，但他的權力在2009年的政變發生後被迫移交安德里·拉喬利納。上一次總統大選於2013年底舉行，埃里·拉喬納里馬曼皮亞尼納當選，結束2009年政變導致總統權力違憲地移交安德里·拉喬利納後，馬達加斯加連續4年多沒有經合法選舉當選國家元首的歷史。國民議會議員也是由公眾投票選出，共127人，任期5年。參議院共有33位成員，任期6年，其中22人由地方官員選出，11人由總統指派。拉喬利納在2009年3月掌權後立即解散國民議會和參議院，導致整個國家沒有憲法立法機構。[37]地方層面上，全島共分為22個區，每個區都各由一名區長及區議會管理。區下又進一步細分成縣和公社。司法部門主要仿照法國法系，分為高等憲法法院、高等司法法案、最高法院、上訴法院、刑事法庭和初審法庭[105]。這些遵循歐陸法系的法院缺乏快速並透明地在司法體制下審理案件的能力，經常導致被告需要經過冗長的審前拘留，並且監獄的衛生狀況不佳，人滿為患[106]。
安塔那那利佛是馬達加斯加的行政首都，也是人口最多的城市[37]。該市坐落在高原地區，接近島上的地理中心。梅里納人國王安德里安賈卡在公元1610到1625年間將安塔那那利佛定為伊默里納王國的首都，這裡原本還曾是瓦贊巴的首都，位於阿納拉曼加山頂[33]。19世紀初，梅里納人的統治範圍逐漸擴大，鄰近的馬達加斯加人都成為馬達加斯加王國的臣民，安塔那那利佛也幾乎成為整個島嶼的政治中心。1896年，法國殖民者將這座城市作為其殖民統治的中心。1960年馬達加斯加獨立後，該市仍然保留著首都的地位。截至2011年，全市人口估計達到130萬，安齊拉貝、圖阿馬西納和馬哈贊加分別以50萬、45萬和40萬人排在其後[37]。
行政區劃
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主條目：馬達加斯加行政區劃
馬達加斯加行政區劃地圖
法國殖民當局於1946年把馬達加斯加分為6個行政省（faritany mizakatena），以便進行分權管理[107]。2004年，這6個省又進一步劃分成22個大區（faritra）。根據2007年馬達加斯加憲法公投的結果，原有的6個省予以撤消，大區也就相應成為最高級別的地方行政單位[37]。大區之下又進一步細分成119個縣、1579個公社（鄉鎮）和17485個社區（村落）（fokontany）[108]。2010年通過的新憲法再次恢復了原先6個省的建制，但大區仍然保留，在省級政權機構產生之前，大區實際行使一級行政區功能。2021年8月11日，馬達加斯加設立第23個大區[109]。
區和原有的省[110][111]
區
原有的省
2004年估計人口
迪亞納大區（1）、薩瓦大區（2）
安齊拉納納省
1,291,100
伊塔西大區（3）、阿納拉曼加大區（4）、瓦基南卡拉特拉大區（5）、邦古拉瓦大區（6）
安塔那那利佛省
5,370,900
蘇菲亞大區（7）、布埃尼大區（8）、貝齊布卡大區（9）、梅拉基大區（10）
馬哈贊加省
1,896,000
阿勞特拉-曼古魯大區（11）、阿齊納納納大區（12）、阿納蘭吉魯富大區（13）
圖阿馬西納省
2,855,600
阿穆魯尼-馬尼亞大區（14）、上馬齊亞特拉大區（15）、瓦圖瓦維大區（16a）、菲圖維納尼大區（16b）、阿齊穆-阿齊納納納大區（17）、伊胡龍貝大區（18）
菲亞納蘭楚阿省
3,730,200
梅納貝大區（19）、阿齊穆-安德雷法納大區（20）、安德魯伊大區（21）、阿諾西大區（22）
圖利亞拉省
2,430,100
政治
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主條目：馬達加斯加政治史
自1960年從法國獨立後，馬達加斯加的政治過渡先後伴隨著眾多的民眾抗議、幾次存在爭議的選舉、一次彈劾、兩次軍事政變和一次暗殺。島上經常出現長時間的政治危機，這無論是對地方經濟、國際關係還是人民的生活水平都存在不利影響。2001年總統大選後，在任總統拉齊拉卡和新當選的拉瓦盧馬納納各自的支持者進行長達7個多月的對峙，馬達加斯加為此損失數百萬美元的旅遊業和貿易收入，基礎設施也受到破壞，多座橋梁遭炸毀，還有許多建築物受到縱火的破壞[112]。2009年初，安德里·拉喬利納主導一系列反對拉瓦盧馬納納的抗議活動，這些活動之後蒙上暴力的陰影，導致超過170人被殺[113]。
2009年3月起，該國進入拉喬利納執政的過渡時期，這場政變導致許多雙邊捐助國和政府間組織凍結對馬達加斯加的援助，並且暫停雙邊的正常外交關係。該國經濟發展因此停滯不前，許多在之前政府領導下取得的成果也付諸東流。除此以外，馬達加斯加的現代政治也因梅里納人在19世紀對沿海各國的征服而蒙上陰影。高地和沿海地區居民間隨之產生的緊張關係已經周期性地造成多起暴力事件的爆發。[114]
馬達加斯加是1963年成立的非洲統一組織創始成員國之一，但卻歷來徘徊在主流非洲事務的邊緣。2002年，非洲統一組織解散，非洲聯盟取而代之。
由於2001年總統大選結果的爭議，馬達加斯加未能獲准出席首屆非洲聯盟首腦會議，一直到14個月後才得以重新加入非洲聯盟。2009年3月，馬達加斯加又因行政權力違憲地移交拉喬利納而遭非洲聯盟暫停其成員國資格[115]。
馬達加斯加是國際刑事法院成員。截至2014年4月，共有11個國家在該國設有大使館，其中包括法國、英國、美國、中華人民共和國和印度[116]。
馬達加斯加的人權受憲法保護，該國還簽署包括世界人權宣言和兒童權利公約在內的多項國際協定[117]。宗教信仰、少數族裔和性別群體都受法律保護。結社和集會自由同樣受到法律保證，但在實際操作中，偶爾會出現政府拒絕對公眾集會發出許可來阻礙政治示威的情況[97][117]。與其他相應法律保障較少的國家相比，該國治安部隊使用酷刑，或者國家動用武力鎮壓的情況較為罕見，不過軍方和警察仍然存在任意逮捕或是貪污腐敗的問題。拉瓦盧馬納納於2004年建立了反腐敗部門「BIANCO」（音譯「比安科」），令安塔那那利佛的低級別官員官僚腐敗比例明顯降低，但高級別官員還沒有受到過該部門的起訴[97]。
軍事和治安
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16世紀期間，馬達加斯加島上隨著薩卡拉瓦人、梅里納人及其他族裔群體的興起而開始出現常備軍，起初其配備的武器僅限於矛，但後來逐漸有了火槍、大炮和其它武器[118]。到了19世紀初，由梅里納人統治的馬達加斯加王國已經擁有高達3萬武裝軍人組成的部隊，將島上大部分區域都納入其控制範圍[119]。19世紀下半葉，法國對島上沿海城市展開進攻，促使當時的總理賴尼萊亞里沃尼尋求英國援助，幫助對梅里納王室軍隊加以訓練。但英國軍事顧問的訓練和領導並不足以讓島上軍隊與法國的先進武器裝備相抗衡，安塔那那利佛王宮受到攻擊後，部隊隨之被迫投降，馬達加斯加也在1897年淪為法國的殖民地[120]。
1960年，馬拉加什共和國從法國獨立，該國的武裝部隊（包括陸軍、海軍和空軍）也伴隨著政治獨立和主權一起恢復[121]。自此馬拉加什軍隊還沒有與任何國家發生過衝突，除了在政治動盪時期偶爾介入恢復秩序外也沒有參與過任何國內的暴力衝突。海軍中將迪迪安·拉齊拉卡執政時期，第二共和國所有青年公民無論性別都需強制服兵役，這一政策從1976年起執行，一直到1991年中止[122][123]。武裝部隊聽從內政部長的指示[105]，即便是在政治危機時候也基本上保持中立。例如存在爭議的2001年總統大選出現曠日持久的僵局後，軍方仍然拒絕以表態支持任何一位候選人進行干預。但馬達加斯加武裝部隊在2009年打破這一傳統，部分軍隊選擇向當時的安塔那那利佛市長安德里·拉喬利納叛變，支持他強迫拉瓦盧馬納納交出總統權力[97]。
內政部部長是國家警察部隊、準軍事部隊（憲兵隊）和秘密警察的負責人[105]。警察和憲兵駐紮在地方，並由地方進行管理。但截至2009年時，全國所有的公社中可以獲得這些安全部隊服務的還不到三分之一，大多數公社連任何保安警力的地方總部都沒有[108]。名為「dina」，由長者和其他受尊重人物組成的傳統社區法庭仍然是包括農村在內那些國家相應服務還不到位地區實現司法正義的重要環節。從歷史上看，馬達加斯加島一直比較安全[97]，暴力犯罪率低，大部分犯罪活動僅限於扒竊或小偷小摸之類的機會型犯罪，但是兒童賣淫、人口販賣和大麻等非法藥物的種植和銷售犯罪比例都呈現上升趨勢[105]。2009年起，該國對警察部隊的預算進行削減，嚴重影響了國內的安全局勢，導致之後幾年裡犯罪活動的急劇增加[97]。